変形労働時間制とは？4つの種類と導入手順・残業代の考え方をわかりやすく解説

「繁忙期と閑散期の差が大きいのに、毎週同じ勤務時間で組むしかなく残業代がふくらむ」 「変形労働時間制という言葉は知っているが、4つの種類のどれを選べばよいかわからない」 「導入したものの、残業代の計算が合っているのか自信がない」

労務管理を担当される方から、このようなお声をよく伺います。変形労働時間制は、業務量の波に合わせて労働時間を配分できる制度ですが、要件を1つでも満たさないと制度そのものが無効となり、通常どおりの割増賃金を遡って支払うことになります。

本記事では、変形労働時間制の基本から4つの種類の違い、導入手順、残業代の判定方法までを、労働基準法および厚生労働省の一次情報にもとづいて整理します。読み終える頃には、自社にどの類型が適していて、何から着手すべきかが具体的に見えているでしょう。

変形労働時間制とは？一定期間を平均して週40時間以内に収める制度

変形労働時間制とは、一定の期間を平均して1週間あたりの労働時間が法定労働時間（原則40時間）を超えない範囲で、特定の日や週に法定労働時間を超えて働かせることを認める制度です。業務の繁閑に合わせて所定労働時間を配分できる点に特徴があります。まずは、なぜこの制度が必要になるのかという構造から確認していきましょう。

変形労働時間制の根拠は労働基準法第32条の2以下

労働基準法第32条は、使用者が労働者を「1日8時間・1週40時間」を超えて働かせることを原則として禁じています。この原則に対する例外として設けられているのが、第32条の2（1か月単位）、第32条の3（フレックスタイム制）、第32条の4（1年単位）、第32条の5（1週間単位）の各規定です。

つまり変形労働時間制は「残業を減らす裏技」ではなく、所定労働時間そのものを繁閑に合わせて設計し直す仕組みと理解するのが正確です。総枠（期間を平均して週40時間）は変わらないため、労働時間の総量が減るわけではありません。

出典：e-Gov法令検索「労働基準法」

法定労働時間と所定労働時間の関係を押さえる

実務で混乱が起きやすいのが、法定労働時間と所定労働時間の区別です。変形労働時間制では、この2つの関係が通常の勤務形態とは異なります。

区分	通常の労働時間制	変形労働時間制
1日の上限	8時間（超えれば時間外労働）	あらかじめ特定した日は8時間超も所定労働時間
1週の上限	40時間（超えれば時間外労働）	あらかじめ特定した週は40時間超も所定労働時間
期間全体	週40時間×週数	週40時間×週数（同じ）
事前の特定	不要	労使協定・就業規則で各日各週の労働時間を特定

ポイントは「あらかじめ特定していること」です。事後的に勤務時間を動かして辻褄を合わせる運用は、変形労働時間制として認められません。就業規則と法令の関係を整理したい方は「就業規則と労働基準法の関係性」も参考になるでしょう。

変形労働時間制がある企業は60.9％

厚生労働省「令和6年就労条件総合調査」によると、変形労働時間制がある企業割合は60.9％（令和5年調査59.3％）で、適用を受ける労働者の割合は52.3％でした。企業規模が大きいほど採用割合は高くなります。

企業規模	変形労働時間制がある企業割合
1,000人以上	82.8％
300〜999人	73.4％
100〜299人	67.0％
30〜99人	56.9％
全体	60.9％

30〜99人規模でも半数を超えており、中小企業にとっても現実的な選択肢と言えます。種類別（複数回答）では「1年単位」32.3％、「1か月単位」25.2％、「フレックスタイム制」7.2％、「1週間単位の非定型的変形労働時間制」1.4％という順でした。

出典：厚生労働省「令和6年就労条件総合調査 結果の概況」

変形労働時間制の4つの種類と選び方

変形労働時間制には4つの類型があります。繁閑の波が「どのくらいの周期で訪れるか」によって、選ぶべき類型が変わります。ここでは各類型の要件を順に確認していきましょう。

1か月単位の変形労働時間制（第32条の2）

1か月以内の期間を平均して週40時間以内に収める類型です。月末の締め処理、月初の請求業務、シフト勤務など、1か月の中で波がある職場に向いています。

導入には労使協定または就業規則等での定めが必要で、労使協定による場合は労働基準監督署への届出も求められます。就業規則で定める場合、常時10人以上の労働者を使用する事業場では就業規則の届出義務があるため、いずれにせよ書面化と届出が実務上は必要になります。1日・1週の労働時間に法律上の上限はありませんが、実務では健康確保の観点から10時間程度を目安に設計する企業が多く見られます。

1年単位の変形労働時間制（第32条の4）

1か月を超え1年以内の期間を平均して週40時間以内に収める類型です。夏季・年末など季節による繁閑がはっきりしている製造業、観光業、会計事務所などで採用されています。採用割合32.3％と、4類型のなかで最も多く使われています。

要件は4類型のなかで最も厳格です。労使協定の締結と労働基準監督署への届出が必須であり、就業規則だけでは導入できません。加えて次の上限が課されます。

• 1日10時間・1週52時間まで｜対象期間が3か月を超える場合、週48時間を超える週は連続3週以下、かつ3か月ごとに区切った各期間で3回以下という制約も加わります。
• 年間の労働日数は280日まで｜対象期間が3か月を超える場合の上限です（労働基準法施行規則第12条の4第3項）。休日が年間85日を下回る設計はできません。
• 連続労働日数は6日まで｜特定期間（特に業務が繁忙な期間）として定めた期間でも、連続12日が上限です。

出典：e-Gov法令検索「労働基準法施行規則」

なお、1年単位の変形労働時間制を採用している事業場では、36協定で定められる時間外労働の限度時間が原則の月45時間・年360時間から月42時間・年320時間に引き下げられる点にも注意が必要です。年間休日の水準を他社と比べたい方は「年間平均休日は112日！採用でアピールポイントとなる目安」もあわせてご確認ください。

1週間単位の非定型的変形労働時間制（第32条の5）

日ごとの繁閑を事前に予測しにくい事業のための類型で、対象が明確に限定されています。常時使用する労働者が30人未満の小売業・旅館・料理店・飲食店のみが利用でき、1日の上限は10時間です。

前週末までに翌週の各日の労働時間を書面で通知する必要があり、労使協定の締結と届出も求められます。採用割合は1.4％にとどまり、実務での利用は限定的です。

フレックスタイム制（第32条の3）

清算期間を平均して週40時間以内に収める範囲で、始業・終業時刻の決定を労働者本人に委ねる類型です。他の3類型が「会社が労働時間を特定する」制度であるのに対し、フレックスタイム制は「労働者が決める」点で性質が異なります。

清算期間の上限は2019年4月の法改正で1か月から3か月に延長されました。清算期間が1か月を超える場合は、労使協定の届出が必要になります。コアタイムを設けない運用については「スーパーフレックス制度とは？導入のメリット・デメリットや手順」で詳しく解説しています。

4類型の比較表

4つの類型を要件で並べると、選択の判断がしやすくなります。

類型	対象期間	労使協定	届出	1日・1週の上限	向いている職場
1か月単位	1か月以内	協定または就業規則	協定による場合は必要	法律上の定めなし	月内で波がある職場
1年単位	1か月超1年以内	必須	必須	1日10時間・1週52時間	季節変動が大きい職場
1週間単位	1週間	必須	必須	1日10時間	30人未満の小売・飲食等
フレックスタイム制	3か月以内	必須	1か月超の場合に必要	定めなし	個人裁量で進む業務

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変形労働時間制のメリット3つ

変形労働時間制を導入する企業が6割を超えるのは、それだけの実務的な利点があるためです。ここでは代表的な3点を整理します。

割増賃金の削減につながる

最大のメリットは、繁忙日にあらかじめ長い所定労働時間を設定しておくことで、その超過分が時間外労働にならない点です。たとえば1日10時間の勤務日を特定しておけば、9時間目・10時間目に割増賃金は発生しません（対象期間全体で週40時間平均を超えない範囲に限ります）。

ただし総労働時間が減るわけではないため、人件費全体が下がるとは限りません。残業代そのものの計算方法を確認したい方は「残業代の計算方法を徹底解説」をご覧ください。

業務量に合わせた人員配置ができる

閑散期に労働時間を短く設定できるため、手待ち時間の削減につながります。製造ラインの稼働に合わせた勤務、学校給食のように長期休暇で業務量が激減する職場などでは、年間を通じた人員配置の最適化が可能です。

閑散期にまとまった休日を設定できる

1年単位の変形労働時間制では、閑散期に連続休暇を設定して年間休日日数を増やす設計ができます。採用市場では年間休日日数が応募判断の材料になりやすく、制度設計がそのまま採用力の向上につながるケースもあるでしょう。

変形労働時間制のデメリットと注意点4つ

一方で、運用の難易度は通常の労働時間制より確実に上がります。導入前に把握しておくべき点を4つ挙げます。

事前の特定を崩すと制度が無効になる

最も重大なリスクがこれです。変形労働時間制は各日・各週の労働時間をあらかじめ特定していることが成立要件であり、会社の都合で後から勤務日や時間を変更すると、制度そのものが否定される可能性があります。

制度が無効と判断されると、通常の1日8時間・1週40時間を基準に割増賃金を再計算し、遡って支払うことになります。過去分の未払い賃金は原則3年分（労働基準法第115条）が請求対象です。

勤怠管理と残業代計算が複雑になる

日ごとに所定労働時間が異なるため、割増賃金の計算は後述する3段階の判定が必要になります。表計算ソフトでの手計算はミスを招きやすく、変形労働時間制に対応した勤怠システムの導入が現実的でしょう。システム面の効率化については「勤怠管理はAIで効率化できる？メリットや注意点」で解説しています。

従業員の生活設計に影響する

長時間勤務日が続くと、育児・介護との両立が難しくなります。労働基準法第66条は、妊産婦が請求した場合に変形労働時間制のもとでも法定労働時間を超えて働かせてはならないと定めています。育児や介護を行う労働者への配慮義務（労働基準法施行規則第12条の6）もあわせて確認してください。

途中入社・途中退職者は精算が必要

対象期間の途中で入社・退職した労働者については、実際に在籍した期間を平均して週40時間を超えた分の割増賃金を精算する義務があります（労働基準法第32条の4の2）。1年単位を採用する場合、この精算処理を給与計算フローに組み込んでおきましょう。

変形労働時間制における残業代の考え方をわかりやすく整理

変形労働時間制で最も質問が多いのが残業代の判定です。通常の労働時間制のように「1日8時間を超えたら残業」と単純には判断できません。

3段階で順番に判定する

時間外労働は、次の順序で重複を避けながら積み上げます。

1. 1日単位の判定｜所定労働時間を8時間超に特定した日はその時間を、8時間以内に特定した日は8時間を超えた時間が時間外労働です。
2. 1週単位の判定｜所定労働時間を40時間超に特定した週はその時間を、40時間以内に特定した週は40時間を超えた時間が時間外労働です（ステップ1でカウント済みの時間を除きます）。
3. 対象期間全体の判定｜対象期間の法定労働時間の総枠（40時間×対象期間の暦日数÷7）を超えた時間が時間外労働です（ステップ1・2でカウント済みの時間を除きます）。

計算例で確認する

1か月単位の変形労働時間制（対象期間31日、総枠177.1時間）で、所定10時間と特定した日に11時間働いたケースを考えます。

判定段階	判定基準	時間外労働
1日単位	特定した所定10時間を超えた1時間	1時間
1週単位	その週の特定所定を超えた分（1日単位で計上済みを除く）	0時間
対象期間	総枠177.1時間を超えた分（上記計上済みを除く）	該当があれば加算

この1時間には2割5分以上の割増賃金が必要です。なお法定休日労働と深夜労働は変形労働時間制とは別枠で判定するため、3割5分・2割5分の割増率をそれぞれ適用します。

出典：厚生労働省「変形労働時間制の概要」

変形労働時間制の導入手順5ステップ

制度設計から運用開始までの流れを5つのステップで整理します。順序を飛ばすと無効リスクが高まるため、順に進めてください。

ステップ1〜2：類型の選定と対象者の決定

まず、直近1〜2年の勤怠データから業務量の波を可視化し、波の周期に合う類型を選びます。月内の波なら1か月単位、季節変動なら1年単位が基本です。

次に対象労働者の範囲を決めます。全社一律とせず、部門・職種単位で適用範囲を区切る設計も可能です。妊産婦、育児・介護を行う労働者への配慮を制度設計の段階で織り込んでおきましょう。

ステップ3：労使協定の締結

過半数労働組合、なければ労働者の過半数代表者と協定を結びます。過半数代表者は、管理監督者以外の者から、投票・挙手など民主的な方法で選出しなければなりません。会社が指名した代表者と結んだ協定は無効です。

協定には、対象労働者の範囲、対象期間、特定期間、各日各週の労働時間、有効期間を定めます。

ステップ4：就業規則の変更と周知

始業・終業時刻は就業規則の絶対的必要記載事項です（労働基準法第89条第1号）。変形労働時間制を導入する場合は、就業規則にも制度の内容を記載し、労働者への周知（第106条）を行ってください。

ステップ5：労働基準監督署への届出と運用開始

1年単位・1週間単位、および1か月単位を労使協定で導入する場合は、様式を用いて所轄労働基準監督署長へ届け出ます。届出が受理されて初めて制度が有効になる点を押さえておきましょう。

運用開始後は、カレンダーどおりに勤務が行われているかを毎月点検します。労務全般の点検項目を確認したい方は「労務コンプライアンス15のチェックリスト」も活用してください。

よくある質問（FAQ）

Q1. 変形労働時間制でも36協定は必要ですか？

必要です。変形労働時間制は所定労働時間の配分を変える制度であり、時間外労働をさせるには別途36協定の締結・届出が求められます。1年単位の変形労働時間制を採用している事業場では、限度時間が月42時間・年320時間に引き下げられる点にご注意ください。

Q2. シフトを後から変更しても問題ありませんか？

原則として認められません。労使協定や就業規則に「業務上やむを得ない場合の変更事由と手続」をあらかじめ具体的に定めている場合に限り、その範囲での変更が可能です。会社の裁量で自由に動かせる運用は、制度が無効と判断される典型例です。

Q3. パート・アルバイトにも適用できますか？

適用できます。ただし週の所定労働時間が短い方に長時間勤務日を設定すると、生活設計への影響が大きくなります。適用対象を有期雇用者にまで広げる場合は、労働条件通知書への明記と個別の説明を行ってください。

Q4. 1年単位の変形労働時間制で年間休日は最低何日必要ですか？

対象期間が3か月を超える場合、年間の労働日数の上限が280日と定められているため、年間休日は最低85日必要です（うるう年は86日）。1日の所定労働時間を8時間で設計する場合、総枠の関係でさらに多くの休日が必要になるケースもあります。

Q5. 導入後に制度をやめることはできますか？

できます。労使協定の有効期間満了に合わせて更新しない、または就業規則を変更する方法が一般的です。ただし所定労働時間の変更が労働条件の不利益変更にあたる場合は、労働契約法第9条・第10条にもとづく合理性の確保と労働者への説明が求められます。

まとめ｜制度設計と運用体制はセットで整える

変形労働時間制は、繁閑の差が大きい職場にとって有効な選択肢です。一方で、事前の特定を崩した瞬間に制度が無効となり、遡って割増賃金の支払い義務が生じるという厳しさもあわせ持っています。

導入を検討する際は、次の3点から着手してください。

• 勤怠データで波の周期を可視化する｜周期に合わない類型を選ぶと、運用負荷だけが増えます。
• 労使協定と就業規則を両輪で整える｜どちらか一方だけでは要件を満たさないケースがあります。
• 運用を担える人材と仕組みを確保する｜シフト作成と勤怠点検を継続できる体制がなければ、制度は形骸化します。

＼労務制度を「回せる」体制づくりを、人材採用の面から支援します／ 変形労働時間制の導入は、制度設計そのものよりも、その後の運用を誰が担うかで成否が分かれます。次のような課題をお持ちでしたら、ぜひ一度ご相談ください。

• 制度設計から運用まで任せられる労務責任者を採用したい
• 勤怠システムの刷新と労務運用の再構築を同時に進めたい
• 求人を出しても、変形労働時間制の実務経験がある人材の応募が集まらない

coachee Agent Proは、IT/DX・エグゼクティブ・HR領域に特化した人材紹介サービスです。企業と求職者の双方を同じリクルーティングコーチが担当する両面型支援により、スキルだけでなくカルチャーフィットまで見極めたご提案を行います。労務体制の強化をお考えの企業様は、coachee Agent Proに問い合わせるからお気軽にお問い合わせください。

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監修：高橋 秀誓（たかはし ひでちか） coachee株式会社 代表取締役／情報管理責任者。国家資格キャリアコンサルタント、プロティアン認定ファシリテーター、人的資本開示国際規格 ISO30414 リードコンサルタント。有料職業紹介免許 14-ユ-302056。人材業界歴約10年、キャリア相談実績3,500人以上。